Legendi kohaselt ehitati Rapla kihelkonna esimene kirik Kuusikule kruusamäe otsa. Asja sellest ehitusest aga ei saanud: ükskõik kui palju ehitajad ka ei pingutanud, töö edenes visalt. Lõpuks said ehitajad aru, et see koht pole Jumalale meelepärane. Proovisid siis kirikut Raikkülasse ehitada, kutsusid mungadki appi. Töö ikka ei edenenud. Mungad palusid öö otsa kiriku müüridel, kuid seegi ei aidanud. Jätsid siis mehed töö katki ja pöördusid nõu saamiseks targa poole. See käskis härjad vankri ette rakendada ja lasta neil ise kivikoormaga astuma hakata. Kus härjad seisma jäävad, seal ongi õige kiriku ehitamise koht. Härjad möödusid Rapla mõisast, sammusid üle jõe ja peatusid hiiepuu all. Nii otsustatigi kirik Rapla jõe äärde rajada.
Rapla vana kiriku ehitajateks on peetud Padise kloostri tsistertslasi 13.sajandi II poolel. Rapla kirik oli pikk ühelööviline hoone, mille idaosas paiknes natuke kitsam kooriosa. Koor oli võlvitud mõneti omapärasel moel: altari kohal kõrgus baldahiini meenutav kaar, ülejäänud ruumiosa kattis ristvõlv. Koori idaseinas asus kolmikaken.
Kuna Rapla kirik põles Põhjasõjas müürideni maha, toimus 1738.aastal põhjalik renoveerimine. Tõenäoliselt ehitati siis ka esimene käärkamber. Rapla vanal kirikul oli puust kellatorn. Pärast selle lagunemist ehitati 1795.aastal uus kivist torn, mis oli ühtlasi kirikuaia väravaks.
19.sajandi lõpul jäi kirik Rapla kogudusele väikseks, muutus varisemiohtlikuks ja lammutati. Uue kiriku ehituse algatajaks oli õpetaja Carl Eduard Malm. Moodustati ehituskomitee, kuhu kuulusid kiriku eestseisjad, kohalike valdade esindajad, arhitekt Friedrich Axel von Howen ja ehitusmeister Karl-Rudolf Valdes. Kirikule pandi nurgakivi 1899.aastal. projekti autoriks oli Rudolf-Morits von Engelhardt. Arhitekt Howen muutis aga projekti ja nii erineb tegelikult valminud kirik esialgsest kavandist.
1901.aastal valminud Rapla kirik on üks stiilipuhtamaid uusromaani stiili järgivaid ehitisi Eestis. Rapla kiriku omapära teiste maakirikutega võrreldes seisneb eelkõige tema suurtes mõõtmetes ja kahe torniga fassaadis.
Laudadest võlvid olid Rapla uue kiriku ehitamise ajal väga moodsad. Kiriku koor järgib gooti kunsti traditsioone. Polügonaalselt apsiidi ümbritseb gooti katedraalide kabelitepärga meenutav madal hoone osa, milles paiknevad abiruumid. Interjööris domineerivad peenikesed poolsambad, millele toetuvad võlviroided suubuvad lae keskel asetsevasse päiskivisse. Ruumi jaotus kaheks korruseks on tüüpiline 19. sajandi kirikuarhitektuurile. üksteise kohal paiknevad akenderead torkavad silma juba kiriku eksterjööris. Luteri usu kirikutele tehtud ettekirjutus oli, et kantslist lugev õpetaja peab olema nähtav ruumi igast punktist. Selleks ehitati seinte äärde vöörid, kuhu paigutati astmetena tõusvad pingiread. Vitraažakende vapid kuuluvad neile ümbruskonna mõisnikele, kes olid seotud uue kiriku ehitusega.
Rapla kiriku esimese oreli ehitas 1841.aastal kohalik köster Ludwig Johann Karell. Pilli tööiga aga ei kujunenud kuigi pikaks ning 1878.aastal telliti Saksamaalt uus orel, mis viidi üle ka praegusesse kirikusse. 1939.aastal valminud heakõlaline vendade Kriisade orel on juba kolmas Rapla kirikus. Kiriku kantsel valmis Christian Ackermanni töökojas 1700.aastal. Altariseina valmistas Rapla kirikule Lüübeki päritoluga Tallinna meister Quirinus Rabe 1737. Altarimaali autoriks on Carl Siegismund Walther, 1862.
Stiilipuhta arhitektuurilise lahenduse ja eeskujuliku teostusega umbes 900 istekohaga Rapla kirik mahutab ligi 3000 inimest. Suure ja avara hoone teevad hubaseks altar ja kantsel, elusuurune puidust krutsifiks 15. sajandist ja altariruumi vitraažid. Suurepärast interjööri täiendavad Gildemanni meistrite poolt valmistatud ristimiskivi ja Haanja orelimeistrite vendade Kriisade ehitatud kontsertorel.
Rapla koguduse tugevuseks sajandi jooksul on olnud siin pikemat aega töötanud ja sügavad jäljed jätnud vaimulikud. Kõige kauem on praeguse kiriku ajal töötanud kirjanik Juhan Liivi lellepoeg praost Joosep Liiv (Raplas 1907-1941), kes oli ka ise hea luuleandega ning töötas enne sõda pikka aega piiblitõlke komisjoni esimehena. Vana Testamendi professor Evald Saagi (1944-1962) elutööks sai samal ajal Kirikuvalitsuse juures Usuteaduse Instituudi loomine ja teoloogilise õpetuse järjepidevuse säilitamine. Esimesed sõjajärgsed aastakümned olid kiriku jaoks kõige raskemad. Raplas, kus kiriku kõrval tegutses ka veel elujõuline vennastekogudus, oli riigipoolne surve eriti tugev. 1962 saadeti kohalike võimukandjate nõudel Evald Saag Raplast ära, aasta hiljem suleti vägivaldselt ka vennastekoguduse palvemaja. Järgmine vaimulik praost Esra Rahula (1962-1991) oli kohaliku päritoluga mees, kes suutis oma tarkuse ja tasakaalukusega olukorda stabiliseerida. Alles järsult kasvanud töökoormus kaheksakümnendate aastate lõpus, mil koguduses toimus üle neljasaja ristimise aastas, sundis teda pärast 29aastast viljakat tööd pensionile jääma.
Rapla Maarja-Magdaleena kirik on vaieldamatult Rapla sümboliks.
